Les traités diplomatiques signés entre les puissances occidentales et le Japon à la fin des années 1850 mettent fin à l’isolement du Japon ainsi qu’à la clandestinité des catholiques. En effet le traité franco-japonais de 1858prévoyait la présence de ministres des cultes dans les ports ouverts au commerce international, en particulier à Nagasaki.
Les premiers contacts entre missionnaires français et chrétiens japonais laissent rapidement apparaître pourtant des différences importantes entre ceux qui sont restés catholiques, bientôt persécutés, et ceux que les missionnaires appellent les « séparés ».
Tout en abordant le sort des chrétiens persécutés entre 1868 et 1873, ce deuxième volet propose une explication au phénomène des « chrétiens cachés » à partir du témoignage des missionnaires français ainsi qu’une excursion parmi les oeuvres picturales issues de ces communautés qui, à notre époque, cultivent toujours le secret.